Emre Şahin, 5 Ocak 1992'de Belçika'nın Heusden-Zolder şehrinde dünyaya geldi. Türk ve Belçikalı kökenlere sahip olan futbolcu, hem uluslararası arenada hem de yerel liglerdeki performansıyla dikkat çekti.
Futbola çok genç yaşlarda başladı ve Belçika'nın KVC Westerlo takımında altyapı eğitimine devam etti. 2009 yılında henüz 17 yaşındayken profesyonel sözleşme imzaladı. Aynı sezon ilk kez birinci takımda yer alma fırsatı bulsa da Genk karşısında yedek kulübesinden öteye geçemedi. Sezon sonunda ise yeni bir macera için Portekiz'in yolunu tuttu ve Sporting Braga ile anlaştı.
Portekiz'deki ilk yılında A Genç takımda forma giyen Emre, 14 maçta 7 gole imza attı. Avrupa Ligi'nde finale kadar yükselen takımın kadrosunda yer alsa da forma şansı bulamadı. Bir sonraki sezon ise üçüncü ligdeki FC Vizela'ya kiralandı. Burada ilk resmî golünü de kaydeden futbolcu, ligde düzenli olarak görev aldı.
Daha sonra Türkiye'ye dönerek Bucaspor'a transfer oldu ve burada etkili bir performans sergiledi. Takımın play-offlara kalmasında önemli rol oynadı ve 2013-14 sezonunda da performansını sürdürdü.
Millî takım kariyerine Belçika'nın genç takımlarında başlayan Emre, U-16 ve U-17 seviyelerinde forma giydi. 2008 yılında Ege Kupası'nda Türkiye'ye karşı oynadı. 2011 yılında ise Kemal Özdeş tarafından Türkiye 19 yaş altı millî takımına çağrıldı ve İtalya ile yapılan hazırlık maçında ilk kez Türkiye formasını giydi.
