Ergenekon davaları, iddia edilen Ergenekon örgütü çerçevesinde açılan bir dizi yargılamayı kapsar. 27 Nisan 2012 tarihinde İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, birinci ve ikinci Ergenekon davalarını tek bir dosyada toplayarak toplam 16 ayrı iddianameyi birleştirmiştir.
Birinci dava, Zekeriya Öz, Mehmet Ali Pekgüzel ve Nihat Taşkın’ın 86 kişi hakkında 25 Temmuz 2008’de hazırladığı iddianameyle başlamış ve ilk duruşması 20 Ekim 2008’de Silivri Cezaevi’nin mahkeme salonunda gerçekleşmiştir. Yargılamalar sürerken, Danıştay saldırısı, Vatansever Kuvvetler Güç Birliği Hareketi yöneticileri, Alparslan Arslan’a silah satışı, Zekeriya Öz’e tehdit iddiası, Cumhuriyet gazetesine yönelik molotof saldırısı, I.
Bartholomeos suikastı hazırlığı ve Şile’deki mühimmata ilişkin davalar gibi birçok dosya fiili ve hukuki bağları nedeniyle birinci dava ile birleştirilmiştir.
İkinci Ergenekon davası, 58 sanıklı 2. iddianamenin 25 Mart 2009’da kabul edilmesiyle başlamış ve ilk duruşması 20 Temmuz 2009’da Silivri’de yapılmıştır. Bu dava, aynı yıl Ağustos ayında açılan 52 sanıklı 3. iddianameyle birleştirilerek süreci daha da genişletmiştir.
Davanın ikinci duruşmasında, adli tıp uzmanı Prof. Şebnem Korur Fincancı, bazı sanıkların kendisine ait kişisel bilgileri kaydettiği ve telefon görüşmelerini dinlediği gerekçesiyle Cumhuriyet gazetesine yönelik bombalı saldırıların doğrudan zarar gördüğünü savunmuş; bu müdahale talebi mahkeme tarafından kabul edilmiştir.
Diğer kuruluşların (Hukukçular Derneği, DTP, İnsan Hakları Derneği, Çağdaş Hukukçular Derneği, Diyarbakır Barosu) müdahale talepleri ise reddedilmiştir. Danıştay saldırısında yaralanan Danıştay 2. Dairesi Başkanı Mustafa Birden ve diğer üyeler de 6 Ağustos 2011’de davaya dahil olmuşlardır.
