Şili, kuzeyden güneye uzanan geniş bir coğrafyada, değişik iklim ve arazi koşullarıyla zengin bir bitki örtüsüne ev sahipliği yapar. Ülkenin kuzeyinde, Atacama Çölü'nün kısıtlayıcı şartları altında çoğunlukla kaktüs türleri hakimdir; ancak yıl içinde yağışlar ardından çöl, kısa süreliğine bile olsa milyonlarca çiçekle bezenir.
Çölün güneyinde ise step ve bozkır alanları taş sertliğinde yareta (Azorella yareta) yetişen And yastığının yanı sıra kuru bölgelerde yaygın olan Boldo çalılarıyla süslenmiştir. Kıyı kesimlerinde ise sıradağlarında ve Andlar’da sisli ormanlar bulunur.
Orta bölgede Jubaea cinsi palmiye ağacı ve şili arokaryası sıkça görülür; arokarya, özellikle Mapuçeler için kutsal kabul edilir ve tohumlarından elde edilen yağ, onların günlük yaşamlarında önemli bir rol oynar. Aynı anda bu bölgedeki bazı alanlar ise okaliptüs ağaçlarıyla kaplıdır. Güneydeki yağmur ormanları, özellikle Antarktika yalancı kayını (Nothofagus antarctica), servi ve çam gibi ağaçların yanı sıra kavakların da geniş arazilere yayılmış olduğu ekosistemlerdir.
Patagonya ise büyük otluk stepler ve tundralarla karakterizedir, Magellan ve Aysén bölgelerinde ise yoğun buzullar bitki örtüsünü kısıtlar.
Steplerin hakim olduğu bölgelerde, devegiller familyasından lamalar, guanakolar, alpakalar ve vikunyalar yaygındır. And Dağları’nda ise özgün geyikler ve kondorlar ülkenin farklı armalarında sıkça resmedilmiştir. Ormanlık alanlarda puma, kemirgenler, tilki, kodkod, geyik ve kolibri gibi hayvanlar yaşam alanı bulur.
Kuzey Şili’nin soğuk sularında Humboldt ve Magellan pengüenleri, deniz aslanları, pelikan türleri bulunur; aynı zamanda And dağlarının büyük tuz göllerinde flamingolar da yaygındır. Güney bölgesinde ise nandu, magellan tilkisi ve Ateş Toprakları’nda baykuşlar gözlemlenir.
İnsanlık göçleri MÖ yaklaşık 13.000 yıl öncesine kadar uzanır. İspanyolların kuzey Şili’yi fethetmesinden önce bölge Inka Krallığı’na aitti. 1520 yılında Ferdinand Magellan, kendi adını taşıyan boğazı geçerken ülkenin güney ucunu keşfetmiş, 1535 yılında Peru’dan gelen Diego de Almagro ve benzerleri altın arayışıyla Şili'ye gelmiş ancak yerel halk tarafından geri püskürtülmüştür. 1541’de Pedro de Valdivia Santiago’yu kurarak Şili’yi İspanyol kolonisine kaydetmiş, 1542’den itibaren ülke İspanyol Peru Valiliği’nin bir parçası olarak yönetilmiştir.
Şili, altın ve gümüş kaynaklarının sınırlı olması ve Atacama Çölü’nün Peru’ya direkt ulaşımı engellemesi nedeniyle İspanyol Krallığı için daha az öneme sahip bir koloni olarak kalmıştır.
