12 Eylül 1980 darbesi sonrasında ülkenin yönetimini devralan askeri cunta, anayasal yetkileri kullanmak amacıyla Genelkurmay Başkanı Orgeneral Kenan Evren, Kara Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Nurettin Ersin, Hava Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Tahsin Şahinkaya, Deniz Kuvvetleri Komutanı Oramiral Nejat Tümer ve Jandarma Genel Komutanı Orgeneral Sedat Celasun’dan oluşmuştu.
7 Kasım 1982 tarihinde gerçekleştirilen referandumda anayasaya %91,37 oranında oy verilmesiyle kabul edildi ve geçici birinci maddeye göre Kenan Evren, yedi yıl süreyle cumhurbaşkanı seçildi. Bu süreçte Millî Güvenlik Konseyi, ülkenin en üst karar organı konumunda bulunuyordu.
Konseyin varlığı, 6 Kasım 1983’te yapılan genel seçimlerin ardından 7 Aralık 1983’te TBMM Başkanlık Divanı’nın kurulmasıyla sona erdi. Anayasanın geçici ikinci maddesi, konsey üyelerine altı yıl boyunca Cumhurbaşkanlığı Konseyi üyesi olma hakkı tanıdı.
