Yeni Şafak gazetesi, yayın hayatına 23 Ocak 1995'te "Türkiye'nin önü aydınlık" başlığıyla çıktı. O günkü ilk sayısında yer alan ve gazetenin ilerleyen yıllarda da sloganı haline gelen "Türkiye'nin birikimi" yazısı, gazetenin temel felsefesini özetliyordu. Başlangıçta sosyal muhafazakâr ve İslamcı bir duruş sergilese de, ilk dönemlerinde liberal düşüncelere sahip yazarlara da yer vererek dikkat çekici bir çeşitlilik sunmuştu.
Gazetenin kuruluşu, aslında 19 Eylül 1994'te Hekimler Birliği Vakfı Başkanı Dr. Yakup Yönten ve Tufan Mengi'nin girişimleriyle başlamıştı. Ancak ilk yayın döneminde yaşanan maddi zorluklar nedeniyle kısa bir ara vermek zorunda kalındı. Bu aranın ardından, Ensar Vakfı Başkanı Ahmet Şişman'ın gazeteyi devralmasıyla yayın yeniden canlandı. 23 Ocak 1995'teki yeni kimliğiyle çıkan gazetenin yayın hayatına yeniden başlama tarihi, yani bu satın alma işlemi, kuruluş yıl dönümü olarak kabul ediliyor.
Zaman içinde gazetenin sahiplik yapısında değişiklikler yaşandı. Bir dönem Mahmut Kış ve ailesi gazetenin kontrolünü elinde tuttu. Ardından Albayrak Medya Grubu, Ahmet Albayrak aracılığıyla gazeteyi devralarak bugünkü sahipliğini oluşturdu.
Grubun İcra Kurulu Başkanlığı görevini ise aynı ailenin bir üyesi olan Mustafa Albayrak sürdürüyor. 2001 yılında Mustafa Albayrak'ın gözaltına alınması ve 2002'de gazetenin İstanbul ofisine yapılan baskın, "Cumhuriyet Tarihinin En Büyük Vurgunu: Örümcek Ağı" başlıklı haberlerle ilişkilendirildi. Bu baskın sonrası gazete, "Gazetemize örümcek baskını" manşetiyle okuyucularına duyurdu.
Gazetenin yayın politikası da zamanla evrildi. İbrahim Karagül'ün yönetim koltuğuna oturmasının ardından, daha önce eleştirel yazılarını yayımlayan liberal yazarlar gazeteden ayrıldı. Bu değişimle birlikte kadro büyük ölçüde İslamcı isimlerle zenginleştirildi. 15 Temmuz 2016'daki darbe girişimi sırasında ise gazete, "Vatan haini paralel subaylar çıldırdı" başlığıyla gelişmeleri okuyucularına aktardı ve bu haber, sosyal medya platformları üzerinden geniş kitlelere ulaştı.
