Ata ekmeği, 2011 yılında İzmir Seferihisar'ın Gödence köyünde yeniden keşfedilen topan karakılçık buğdayından yapılır. Bu buğday, modern ıslah edilmiş çeşitlerin aksine yüzyıllardır değişmemiş bir atalık tohumdur; keşfedildikten sonra yeniden tarlalarda yetiştirilmeye başlanmıştır.
Karakılçık ununun glüten yapısı modern ekmeklik unlardan zayıftır. Bu yüzden hamur daha az sıkı olur ve klasik yoğurma yerine katlama tekniğiyle çalışılır. Zorla yoğurmak glüten ağını koparır, ekmek kabarmaz.
Uzun soğuk mayalanma sadece bir bekleme değil, tarifin asıl aşamasıdır. Buzdolabında geçen 12-16 saatte ekşi mayadaki bakteriler buğdayın karmaşık şekerlerini parçalar; ekmeğin hem karakteristik hafif ekşi aroması hem de daha kolay sindirilen yapısı buradan gelir.